Po spuštění programu CLARES probíhá rozsáhlá kontrola systému, přičemž pro uživatele jsou zajímavé následně popsané procedury.
V případě, že se jakýmkoliv způsobem smažou či poškodí adresáře programu CLARES, provede se jejich kompletní obnovení. V podstatě stačí soubor CLARES.EXE, který vytvoří celou adresářovou strukturu. Pokud dojde k obnově (a také při prvním spuštění programu CLARES) automaticky se otevře režim Setup, ve kterém si uživatel nastaví své parametry.
Pro úplnost všechny vytvořené programy pro regulátory se ukládají v adresáři PROG\ pod příslušným podadresářem s odpovídajícím číslem regulátoru. Jednotlivé soubory jsou v textovém formátu a mají název PRGnn, kde nn je číslo programu.
Veškeré naměřené průběhy se ukládají do adresáře BOOK\ pod příslušný podadresář se jménem knihy. Jednotlivé průběhy jsou v binárním formátu a mají název RMDDHHMM.Pnn., kde R je rok, M měsíc, DD datum, HH hodina a MM minuta pořízení průběhu, P je číslo regulátoru a nn vykonaný program v regulátoru.
Dále se kontroluje přítomnost souborů TEMP1.DAT až TEMPF.DAT, ve kterých jsou uložena data o probíhajících měřeních na jednotlivých regulátorech. Pokud jsou některé soubory přítomny, načtou se a program dále pracuje přesně od bodu jeho ukončení bez ztráty jediné naměřené hodnoty.
Provádí se také kontrola, zda nedošlo k ukončení programu při stavu Ulož. V případě, že jsou přítomny soubory BACKUP.DAT a BACKUP.PRG, načtou se a ihned se aktivuje stav Ulož znovu. Tímto způsobem nedojde ke ztrátě neuloženého průběhu.
Po spuštění programu CLARES se také provede kontrola sítě regulátorů CLARE. Kontrolují se všechny připojené regulátory s maximálním číslem nastaveným v režimu Setup. Pokud je na některém čísle nalezen regulátor CLARE typu MASTER (tzn. řídící celou podsíť regulátorů typu SLAVE) zkontroluje se také celá podsíť regulátorů. Na displeji se zleva doprava postupně zobrazí vzestupně podle čísla regulátory přímo připojené a regulátory MASTER řídící podsíť, po nich vzestupně podle čísla jednotlivé regulátory v podsítích a nakonec vzestupně podle čísla nepřipojené regulátory.
V případě, že na připojených regulátorech proběhla od posledního ukončení programu CLARES další měření, začnou se automaticky načítat a program pomocí stavu Ulož nabízí postupně jejich uložení do příslušných knih.
Při standardním ukončení programu (křížek v pravém horním rohu okna programu nebo přes Alt+F4) dojde k bezpečnému uložení všech měřených hodnot do souborů TEMP1.DAT až TEMPF.DAT. Program je tedy možno kdykoli ukončit a spustit později. Jediným omezením je kapacita paměti pro dočasné ukládání naměřených hodnot, která činí 4000 hodnot. Při minimální periodě měření hodnot 1 sekunda je to o něco více než 1 hodina, při běžné hodnotě 30 sekund je regulátor schopen zaznamenávat naměřené hodnoty 33 hodin běhu programu. Pokud nejsou data do té doby z regulátoru odebrána, dojde ke ztrátě nejstarších dat.